La Secretaría General de la institución, que durante los cuatro primeros años a partir de la fundación tuviera su sede en la Comisión Costarricense de la UNESCO (San José de Costa Rica), pasó a establecerse luego en el Conservatorio Nacional de Música de Puerto Rico y desde 2001 radica en la Ciudad de Buenos Aires, Argentina. A doce años de la creación del FLADEM se encuentran funcionando hasta el momento secretarías nacionales de la institución (la mayoría con sus respectivas personerías jurídicas) en los siguientes países: Argentina, Brasil, Colombia, Costa Rica, Chile, Ecuador, El Salvador, Guatemala, Honduras, México, Nicaragua, Perú, Puerto Rico.

Filiales

En varios países, ya sea por su amplitud territorial o por la cantidad de asociados, se han constituido filiales locales, en ciudades o regiones, que centralizan la actividad de Fladem en dichos lugares, organizando sus propios eventos, en acuerdo a los estatutos nacionales y los principios de FLADEM. Dichas filiales poseen una organización con juntas o comisiones directivas, encargados y comisiones de trabajo.

Guatemala:

1. Chimaltenango.
2. Salamá, Baja Verapaz.
3. Cobán, Alta Verapaz.
4. Retalhuleu.
5. Antigua Guatemala.
6. San Agustin Acasagustlan, El Progreso.
7. Chiquimula.

Argentina

1. Almafuerte (Provincia de Córdoba)
2. Bariloche (Prov. de Río Negro)
3. Chascomús (Prov. de Buenos Aires)
4. Comodoro Rivadavia (Provincia de Chubut)
5. Córdoba (Capital)
6. Esquel (Provincia de Chubut)
7. Exaltación de la Cruz (Prov. de Buenos Aires)
8. Formosa (Provincia de Formosa)
9. Jujuy
10. La Plata (Prov. de Buenos Aires)
11. Luján (Prov. de Buenos Aires)
12. Mar del Plata (Prov. de Buenos Aires)
13. Neuquén
14. Paso de los Libres(Prov. de Corrientes)
15. Rosario (Prov. de Santa Fe)
16. Santa Fe (Provincia de Santa Fe)
17. Santiago del Estero
18. Tucumán
19. Villa María (Provincia de Córdoba)
20. Villa Regina (Prov. de Rio Negro)

Colombia

1. Tunja (Cundinamarca y Boyacá)
2. Pamplona (Santander del Norte y Santander del Sur)
3. Medellín (Antioquia y Eje Cafetero)
4. Cali (Valle y Cauca)
5. Ibagué (Tolima y Huila).